RUDN Journal of Agronomy and Animal IndustriesRUDN Journal of Agronomy and Animal IndustriesВестник Российского университета дружбы народов. Серия: Агрономия и животноводство2312-797X2312-7988Peoples’ Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba150510.22363/2312-797X-2015-4-7-14ArticlesСтатьиResearch ArticleResearch of the Real Time PCR method for detection and identification phytoplasmas on grapevineИсследование метода ПЦР в режиме «реального времени» для обнаружения и идентификации возбудителей фитоплазмозов виноградаMatyashovaG NМатяшоваГалина НиколаевнаAgrobiotechnologies Department; FGBU “The All-Russian center of quarantine of plants” Pogranichnaya str., 32, settlement of Bykovo, Ramensky district, Moscow Region, Russia, 140150

Агробиотехнологический департамент Аграрно-технологический институт; ФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» ул. Пограничная, 32, пос. Быково, Раменский р-н, Московская обл., Россия, 140150

nikitchenko@mail.ruZaetsV GЗаецВладимир ГригорьевичAgrobiotechnologies Department

Агробиотехнологический департамент Аграрно-технологический институт

nikitchenko@mail.ruPeoples’ Friendship University of RussiaРоссийский университет дружбы народов150420154NO4 (2015)№4 (2015)71405092016Copyright ©; 2015, Матяшова Г.Н., Заец В.Г.2015Матяшова Г.Н., Заец В.Г.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://agrojournal.rudn.ru/agronomy/article/view/1505For the detection and identification of Candidatus Phytoplasma vitis Flavescence doree - the yellowing grape quarantine pest for the territory of Russia and Candidatus Phytoplasma solani Bois noir - pathogen of blackening crust grape was used one of the existing methods of diagnosis PCR in “real time” (RT-PCR). Matched to the fragment 16SrRNA gene species-specific primer systems were tested for false positive and false negative results for the detection of plant material in the above two phytoplasmas. According to the results of PCR in “real time”, it was determined that the studied pairs of primers allow the identification of target species phytoplasmas. Cross-reactions with other species phytoplasmas were not detected. Primers pairs do not give false positive reactions with gram-positive bacteria and some types of bacterial microflora grapes. The primer pairs and probes FDrt and BNrt can be used to detect and identify phytoplasmas - pathogens FD and BN in the regulated articles, as well as monitoring. RT-PCR method is considered to be relatively simple to implement and does not require time-consuming for the detection results.

Для выявления и идентификации Candidatus Phytoplasma vitis Flavescence doree - возбудителя золотистого пожелтения винограда, карантинного вредного организма для территории России, и Candidatus Phytoplasma solani Bois noir - возбудителя почернения коры винограда был применен один из существующих методов диагностики ПЦР в режиме «реального времени» (ПЦР-РВ). Подобранные на участок 16SrRNA гена видоспецифичные праймерные системы исследовали на наличие ложноположительных и ложноотрицательных результатов для обнаружения в растительном материале двух вышеуказанных возбудителей фитоплазмозов. По результатам ПЦР в режиме «реального времени» было определено, что изучаемые пары праймеров позволяют выявлять целевые виды фитоплазм. Перекрестные реакции с другими видами фитоплазм не были зафиксированы. Пары праймеров не дают ложноположительных реакций с грамположительными бактериями и некоторыми видами бактерий микрофлоры винограда. Пары праймеров и соответствующие зонды FDrtF/R/FAM и BNrtF/R/FAM возможно использовать для обнаружения и идентификации фитоплазм - возбудителей болезней FD и BN в подкарантинном материале, а также при проведении мониторингов. Метод ПЦР-РВ считается достаточно простым в исполнении и не требует больших затрат времени для детекции результатов.

diagnosticsphytoplasmaplant quarantinePCRдиагностикафитоплазмыкарантин растенийПЦРArnaud G., Malembic-Maher S., Salar P., Bonnet P., et al. Multilocus Sequence typing confirms the close genetic interrelatedness of three distinct Flavescence doree Phytoplasma strain clusters and group 16SrV Phytoplasmas infecting grapevine and alder in Europe // Applied and environmental microbiology. 2007. P. 4001-4010.Angelini E., Bianchi G.L., Filippin L., Morasutti C., Borgo M. A new TagMan method for the identification of phytoplasmas associated with grapevine yellows by real-time PCR assay // Journal of Microbiological methods. 2007. P. 613-622.Bertaccini A. Phytoplasmas: diversity, taxonomy and epidemiology // Frontiers in bioscience. 2006. P. 673-689.Chuche J., Thiery D. Biology and ecology of the Flavescence doree vector Scaphoideus titanus: a review // Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). 2014. P. 23.Hren M., Boben J., Kralj P., Gruden K., Ravnikar M. Real-time PCR detection systems for Flavescence doree and Bois noir phytoplasmas in grapevine: comparison with conventional PCR detection and application in diagnostics // Plant Pathology. 2007. P. 785-796.Lessio F., Tedeschi R., Alma A. Population dynamics, host plants and infection rate with Stolbur phytoplasma of Hyalesthes obsoletus Signoret in north-western Italy // Plant pathology. 2007. P. 97-102.Pelletier C., Salar P., Gillet J., Cloquemin G., et al. Triplex real-time PCR assay for sensitive and simultaneous detection of grapevine phytoplasmas of the 16SrV and 16SrXII-A groups with an endogenus analytical control. 2009. P. 87-95.Petrzik K., Sarkisova T., Curnova L. Universal primers for plasmid detection and method for their relative quantification in phytoplasma-infected plants // Bulletin of Insectology. 2011. P. 25-26.URL: www.vinocenter.ru.