RUDN Journal of Agronomy and Animal IndustriesRUDN Journal of Agronomy and Animal IndustriesВестник Российского университета дружбы народов. Серия: Агрономия и животноводство2312-797X2312-7988Peoples’ Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba162510.22363/2312-797X-2014-2-22-27ArticlesСтатьиResearch ArticleDevelopment diagnostic methods of bacterial blight of rice on based PCRУсовершенствование методов диагностики возбудителя бактериального ожога риса на основе ПЦРEgorovaM SЕгороваМария Сергеевнаmasha_0787@mail.ruIgnatovA NИгнатовАлександр НиколаевичDepartment of botany, plant physiology and agrobiotechnology

Кафедра ботаники, физиологии растений и агробиотехнологии

an.ignatov@gmail.comMazurinE SМазуринЕвгений Сергеевичzarauh@mail.ruAll-Russian Plant Quarantine CenterФГБУ Всероссийский центр карантина растений (ФГБУ ВНИИКР)Peoples’ Friendship University of RussiaРоссийский университет дружбы народов150220142NO2 (2014)№2 (2014)222705092016Copyright ©; 2014, Егорова М.С., Игнатов А.Н., Мазурин Е.С.2014Егорова М.С., Игнатов А.Н., Мазурин Е.С.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://agrojournal.rudn.ru/agronomy/article/view/1625Primers identifying bacterial blight pathogen, without cross-reactions with closely related species were designed based on the analysis of the original and GeneBank DNA sequences of Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Media YPGA containing cycloheximide 50 mg / l + cefazolin 30 mg / l + gentamicin 2 mg / l has been optimized for BIO-PCR. Sensitivity of the BIO-PCR analysis using original selective media up to 100 times more effective than direct PCR analysis. The sensitivity of the primers in BIO-PCR analysis with original selective media has achieved 50 CFU/ml.

На основе анализа оригинальных и ранее опубликованных последовательностей ДНК Xanthomonas oryzae pv. oryzae были разработаны праймеры для ПЦР «в реальном времени», позволяющие достоверно идентифицировать возбудителя бактериального ожога риса, без перекрестных реакций с близкородственными видами. Была оптимизирована среда для БИО-ПЦР YPGA, содержащая в качестве селектирующих факторов антибиотики циклогексимид 50 мг/л + цефазолин 30 мг/л + гентамицин 2 мг/л. Показано, что чувствительность праймеров при БИО-ПЦР с использованием оригинальной селективной питательной среды в 100 раз эффективнее прямого ПЦР анализа. Оптимизированная БИО-ПЦР диагностика возбудителя бактериального ожога риса позволяла обнаружить 50 КОЕ/мл семенного экстракта.

Bacterial leaf blight of riceReal-time PCRBIO-PCRбактериальный ожог рисаПЦР «в реальном времени»БИО-ПЦРПунина Н.В., Зотов В.С., Кузнецов Б.Б., Игнатов А.Н. Оценка генетического разнообразия межгенного транскрибируемого региона 16S-23S рРНК, гена GYRB и разработка ПЦР диагностики фитопатогенных ксантомонад // Вестник Московского государственного областного университета. - 2008. - № 2. - С. 3-17.OEPP/EPPO. Data sheets on quarantine organisms, Xanthomonas oryzae // Bulletin OEPP/EPPO Bulletin. - 1990. - V. 16. - P. 1-8.OEPP/EPPO. Diagnostics, Xanthomonas oryzae // Bulletin OEPP/EPPO Bulletin. - 2007. - V. 37. - P. 543-553.Swings J.G., Van Den Mooter M., Vauterin L., Hoste B., Gillis M., Mew T.W. and Kersters K. Reclassification of the causal agents of bacterial blight Xanthomonas campestris pathovar oryzae and bacterial leaf streak Xanthomonas campestris pathovar oryzicola of rice as pathovars of Xanthomonas oryzae new species Ex Ishiyama // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1990. - V. 40. - P. 309-311.Yamamoto S., Bouvet P.J. and Harayama S. Phylogenetic structures of the genus Acinetobacter based on gyrB sequences: comparison with the grouping by DNA-DNA hybridization // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1999. - V. 49. - P. 87-95.Yamamoto S. and Harayama S. Phylogenetic analysis of Acinetobacter strains based on the nucleotide sequences of gyrB genes and on the amino acid sequences of their products // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1996. - V. 46. - P. 506-511.Zhao W.J., Zhu S.F., Liao X.L., Tan T.W. Detection of Xanthomonas oryzae pv. oryzae in seeds using a specifi c TaqMan probe // Molecular Biotechnology. - 2007. - V. 35. - P. 119-127.