Junior Researcher, Mycology Laboratory, All-Russian Plant Quarantine Center; PhD student, Lomonosov Moscow State University, Faculty of Biology
младший научный сотрудник лаборатории микологии испытательного лабораторного центра, Всероссийский центр карантина растений; аспирант биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова
PhD in Biological Sciences, Leading Researcher, Head of Phytosanitary Biology Department
кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник - начальник отдела фитосанитарной биологии
Synchytrium endobioticum (Schilb.) Percival. is a pathogen of potato wart disease and has a restricted distribution on the territory of the Russian Federation. Its main pathways are infected potato tubers and different planting material containing soil particles infected with spores of the fungus. One of the main problems is the use of toxic chemicals during detecting the disease in laboratory methods of direct soil testing to identify resting spores. This paper presents the assessment of molecular methods of soil diagnosis for detection of S. endobioticum by direct extraction of fungal DNA from soil samples using the MetaGen reagent kit. Identification was performed using the ‘Fitoskrin. Synchytrium endobioticum-RT’ kit. The kit was pre-tested using DNA isolated from potato warts by various commercial kits. It was found that the optimal method of DNA isolation from the warts was using the ‘FitoSorb-Avtomat 48’ kit at the Tecan robotic station. Studies have shown that the sensitivity of the direct DNA extraction method from soil samples with various infection levels is the same as that of flotation method using carbon tetrachloride. Moreover, this method makes it possible to work with soil samples of different types, including peaty soils.
Возбудитель рака картофеля гриб Synchytrium endobioticum (Schilb.) Percival. является ограниченно распространенным карантинным объектом на территории Российской Федерации. Основной путь распространения гриба - зараженные клубни картофеля и различный посадочный материал, содержащий частички почвы, зараженной спорами гриба. Одной из ключевых проблем в выявлении заболевания является применение в лабораторной практике достоверных методов прямого тестирования почвы на выявление покоящихся спор гриба без использования токсичных для персонала химических препаратов. Представлена апробация молекулярных методов диагностики почвы на выявление S. endobioticum методом прямого выделения ДНК гриба из почвенных образцов с использованием набора реагентов «МетаГен/ MetaGen». Идентификацию проводили с использованием набора серии «Фитоскрин» « Synchytrium endobioticum -РВ». Предварительно набор был апробирован с использованием ДНК, выделенной из наростов рака картофеля различными коммерческими наборами. Установлено, что оптимальным методом выделения ДНК из наростов для исследований является использование набора «ФитоСорб-Автомат 48» на роботизированной станции НК Tecan. Проведенные исследования показали, что чувствительность метода прямого выделения ДНК из почвенных образцов различной степени зараженности не уступает методу флотации с использованием четыреххлористого углерода. Данный метод позволяет работать с образцами почвы различных типов, включая торфянистые.